Как говорил наш великий и могучий Василий не так давно: "Выработка Шахты металла снижена.
Выработка Рудника минералов и Скважины газа повышена..."
Но судя по скринам выработка минералов и газа также снижена.

Необходимо привести к соответствию. 
Кроме того, производство энергии порезано на двое...

Прошу тоже исправить.
И еще один момент...что-то в функции "собирательство" сбивает показатели или это связано с вышеупомянутым обновлением... 28.07.16 решил посмотреть что за штука такая (энергия была в плюсе..примерно 1500), выставил 100%, вследствие чего энергия жестко ушла в минуса. Далее, что бы я не делал, она так и не восстановилась. И по сей день стоит в минусе, хотя повысил уровень термоядерной электростанции.

Все с выработкой так, как и запланировано.

По поводу "Собирательства" - это общий селектор выбора уровня мощности для элементов ниже. Т.е. вы что-то включили на полную, что у вас было отключено, поэтому стало не хватать энергии.